1、改善土壤結構，提高土壤肥力。

微生物肥中的一些根瘤菌、固氮菌，可以把空氣中的氮氣轉化成植物可吸收的氮素養(yǎng)分，增加土壤中的氮素來源，多種溶磷、解鉀菌可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變?yōu)樽魑锬軌蛭绽玫乃傩Я?、鉀化合物，使作物生長環(huán)境中的營養(yǎng)元素供應增加。一些微生物肥料的應用還增加了土壤中的有機質，促進土壤團粒結構的生成，提高土壤肥力。長期使用微生物肥，可使原來比較板結的土質變得更加松軟、透氣，而且保水、保肥性能也有了提高。

2、減少病蟲害，增強作物的抗病能力。

微生物肥料中的有益微生物在作物根系周圍大量生長繁殖，形成優(yōu)勢菌群，占據病原微生物的生存空間，阻擋了病原微生物對作物的侵害。其次，微生物所分泌的殺蟲抗菌類物質，具有一定的殺蟲抗菌作用。這些物質在根部能夠增強了作物的抗病能力，使作物避免土傳性病原菌的侵害，降低發(fā)病率。

3、促進生長，增加產量。

使用微生物肥料后，微生物產生的如赤霉素、生長素和其他生理活性物質，促進了作物的生長發(fā)育，特別是根系發(fā)育，發(fā)達的根系提高了作物養(yǎng)分吸收能力，使作物的生長發(fā)育速度加快。尤其是一些光合細菌制劑，噴灑在作物葉面后，作物枝葉茂盛，葉面積增大，使作物的光合作用顯著增強，作物生長加速，開花早、結果多、產量高。

4、改善產品品質。

由于微生物的活動，均衡了土壤中養(yǎng)分的供應，防止了作物對N素肥料的過量吸收，蛋白質、糖分、維生素含量提高，硝酸鹽含量下降，作物品質明顯改善，口味好、保鮮時間延長。據實驗測定，施用微生物肥可使產品中硝酸鹽含量降低20-30％，維生素C含量提高30-40％，可溶性糖提高1-4度?？梢杂行У馗纳剖卟撕凸返耐庥^，提高氨基酸含量、降低重金屬等有害物質含量。

減少污染，改善生態(tài)環(huán)境。微生物肥有較好的肥效，能夠增強作物的抗病能力，使用微生物肥能夠減少30%的化肥用量，同時減少農藥用量，從而減少環(huán)境污染，降低農藥殘留，促進我國農業(yè)可持續(xù)發(fā)展。